海关编号指申报单位或预录入单位对该单位填制录入的报关单的编号，用于该单位与海关之间引用其申报后尚未批准放行的报关单。报关单录入凭单的编号规则由申报单位自行决定。预录入报关单及EDI报关单的预录入编号由接受申报的海关决定编号规则，计算机自动打印。指海关接受申报时给予报关单的编号。海关编号由各海关在接受申报环节确定，应标识在报关单的每一联上。

  报关单海关编号为9位数码，其中前两位为分关(办事处)编号，第三位由各关自定义，后六位为顺序编号。各直属海关对香港货代公司进口报关单和香港货代公司出口报关单应分别编号，并确保在同一公历年度内，能按进口和出口唯一地标识本关区的每一份报关单。进口口岸/出口口岸。指货物实际进(出)我国关境口岸海关的名称。本栏目应根据货物实际香港货代公司进(出)口的口岸海关选择填报《关区代码表》中相应的口岸海关名称及代码。
  加工贸易合同项下货物必须在海关核发的《登记手册》(或分册，下同)限定或指定的口岸与货物实际进出境口岸不符的，应向合同备案主管海关办理《登记手册》的变更手续后填报。
  进口转关运输货物应填报货物进境地海关名称及代码，出口转关运输货物应填报货物出境地海关名称及代码。按转关运输方式监管的跨关区深加工结转货物，出口报关单填报转出地海关名称及代码，进口报关单填报转入地海关名称及代码。其他未实际进出境的货物，填报接受申报的海关名称及代码。