新修订的《海关稽查条例》主要修改内容有：
  一是增加了对海关实施稽查具有保障和支撑作用的基础性措施。《决定》规定，海关根据稽查工作需要，可以向有关行业协会、政府部门和相关企业等收集特定商品、行业与进出口活动有关的信息，并根据有关企业、单位的进出口信用状况和风险状况确定海关稽查重点。
  二是进一步规范和优化海关稽查程序。《决定》将海关不经事先通知进行稽查的情形明确限定为被稽查人有重大违法嫌疑，其账簿、单证等有关资料以及进出口货物可能被转移、隐匿、毁弃等紧急情况;将稽查报告送被稽查人征求意见的情形限定为“稽查报告认定被稽查人涉嫌违法”，并仅就“稽查报告认定的事实”征求意见。《决定》取消了使用计算机记账、核算的有关企业、单位应当将会计记录打印成书面记录保管的规定;还删去要求有关企业、单位向海关报送进出口货物购买、销售、加工、使用、损耗和库存情况资料的规定。
  三是完善海关稽查职权和措施。《决定》增加了扣押强制措施方面的规定，并明确可以查封、扣押相关电子数据存储介质;同时增加了海关可以委托会计、税务等方面的专业机构就相关问题作出专业结论的规定;被稽查人委托专业机构作出的专业结论，可以作为海关稽查的参考依据。
  四是宽严相济惩处违法行为。《决定》提高了对违法行为的罚款数额。同时规定，与进出口货物直接有关的企业、单位主动向海关报告其违反海关监管规定的行为，并接受海关处理的，应当从轻或者减轻行政处罚。
  与旧条例相比，新修订的《海关稽查条例》将“推行简政放权、激发企业和市场活力”作为一项重要的内容，将会对自治区外贸企业产生深远影响。
  新修订的《海关稽查条例》明确了企业主动披露制度成为一个亮点。该制度鼓励企业对海关尚未发现的问题主动上报，促进企业自我规范、诚信经营，使海关与企业由过去单一的管理者与被管理者的关系转变为共同管理。此外，引入社会专业机构参与海关稽查，是新修订的《海关稽查条例》的另一大亮点，这对于整合利用社会资源、提高公共服务水平和效率具有重要意义。
  “新稽查条例的实施，有利于创新海关监管实现方式，促进自治区进出口企业守法规范经营，保障被稽查企业合理权利，进一步降低企业负担。”